蝙蝠的栖息地选择与其种类和生活习性密切相关，全球约1400种蝙蝠的居住环境呈现多样化特征。多数蝙蝠栖息于天然洞穴，如石灰岩溶洞或火山岩洞，这些环境温度稳定、湿度适宜，且洞顶的裂缝和凸起为它们提供理想的悬挂点。例如，墨西哥的“燕子洞”因聚集数百万只蝙蝠而闻名，黄昏时分蝙蝠群出动的景象极为壮观。
在无天然洞穴的地区，蝙蝠会选择人造结构作为替代栖息地。树洞、废弃房屋、桥梁缝隙甚至教堂尖顶都可能成为它们的居所。例如，北美的棕蝠常在人类建筑中集群越冬，利用建筑物的缝隙躲避严寒。部分蝙蝠具有特殊栖息偏好。热带地区的果蝠会选择高大树冠筑巢，而食虫蝠则更倾向于在低矮灌木或岩缝中栖息。此外，一些蝙蝠会随季节迁移栖息地，例如温带地区的蝙蝠在冬季会迁徙至更温暖的南方地区。